Родился в семье священника, окончил среднюю общеобразовательную и музыкальную школы. В 1970 году окончил струнное отделение музыкального училища имени Ипполитова-Иванова (по классу контрабаса). В 1970—1972 годах проходил службу в Советской Армии.
С января 1973 года стал иподиаконом в Богоявленском Елоховском соборе (по апрель 1989 года). В 1973—1976 годах обучался в Московской духовной семинарии, в 1976—1980 годах в Московской духовной академии. По окончании защитил диссертацию на тему «Евангельское учение о Царстве Божием. Его значение для нравственной жизни христианина», был оставлен профессорским стипендиатом на кафедре византологии.
В 1976 году стал послушником в Троице-Сергиевой лавры. 10 мая 1977 года наместник лавры архимандрит Иероним (Зиновьев) постриг его в монашество с именем Сергий (в честь преподобного Сергия Радонежского). 14 мая 1977 года рукоположен патриархом Пименом во иеродиакона. С 1977 года и до смерти Пимена был его старшим иподиаконом и келейником. 9 апреля 1989 года рукоположен во иеромонаха и возведён в сан игумена, на Пасху в 1990 году — в сан архимандрита. В мае 1990 года назначен инспектором Московской духовной академии, был преподавателем гомилетики.
6 октября 1995 года Постановлением патриарха и Священного синода архимандриту Сергию было определено быть епископом Новосибирским и Бердским. 9 декабря совершено его наречение во епископа, 10 декабря в день празднования в честь иконы Божией Матери Знамение в Богоявленском кафедральном соборе в Москве Сергий был хиротонисан патриархом Алексием II во епископа Новосибирского и Бердского. За период пребывания на Новосибирской кафедре уделял много внимания миссионерской работе, строительству храмов. По решению Синода паралелльно с Новосибирской епархией по октябрь 1997 года епископ Сергий временно управлял Томской епархией.
Скончался 20 октября 2000 года, похоронен согласно завещания в ограде кафедрального Преображенского собора в Бердске.
