Здравствуйте, Арчил!
В зависимости от того, с какой точки зрения смотреть на это повествование, можно прийти к разным заключениям. Так, если мы будем подходить к чтению Библии как к обычному чтиву или сказке, а не как к Богодухновенной книге, то многое (если не всё) в ней написанное покажется нам неправдоподобным и нелепым. Когда же мы говорим о чудесах, описанных в Библии, то, чтобы понять, как это могло быть, не хватит, пожалуй, и всей жизни. Давайте попытаемся научно обосновать, как Христос мог воскресить Лазаря, смерть которого к тому времени произошла уже около 4 суток назад? Современная наука скажет, что это невозможно. А наша вера подсказывает, что для Бога нет ничего невозможного. Или как Христос мог накормить пятью хлебами 5 тыс. человек? Мы верим, что Бог нас не обманывает. Один из подвижников нашей Церкви, отвечая на подобный вопрос (речь шла о том, как Иона смог выжить после того как его проглотил кит) сказал, что если бы в Библии было написано, что не кит проглотил Иону, а Иона кита, то он всё равно бы в это свято верил.
Возвращаясь же непосредственно к заданному вопросу, хочется заметить следующее. Если исходить из одного из вариантов церковного летоисчисления (приблизительно7500 лет от сотворения мира), то окажется, что Ной жил примерно 6 тыс. лет назад. Можно предположить, что количество живых организмов, которое известно сейчас современной науке, тогда было значительно меньшее. А значит, наверное, они смогли свободно поместиться в ковчеге.