Здравствуйте, Ирина!
За упокой иноверных родственников нужно молиться в домашней молитве. Если Вы читаете утренние молитвы, то в обычном дневном помяннике можете называть их имена. Иногда перед именем добавляют слово «некрещеный». Каноны Православной Церкви не разрешают православным молиться в храмах иных религий.