Здравствуйте, Павел!
Начну со второго вопроса, безусловно, можно. Творчество Толстого разное, и отлучение от Церкви не означает запрет на его труды. В любой семинарской и академической библиотеке есть все его произведения. Для примера мы знаем, что в свое время от Церкви был отлучен Ориген, при этом его некоторые мысли и идеи использовались в дальнейшем видными богословами, некоторые из которых были канонизированы. Возвращаясь к первому вопросу – можно, возможно, исключив первую и последнюю неделю молитвы.