Здравствуйте, Владимир!
Да, во время литии можно поминать усопших, похороненных на разных кладбищах. При чтении молитвы о нескольких людях единственное число необходимо заменить множественным: «Усопшим рабом Твоим (имена) и сотвори им вечную память».