Здравствуйте, Виктор!
Описанное Вами является местным обычаем. Служа в казачьей станице и окормляя районное и городское казачьи общества, могу Вам сказать, что Терском казачьей войске такого обычая нет. Хотя, действительно, казаки входят в храм с оружием, но обнажают его лишь в почетном карауле у знамени в момент принятия присяги. Однако в России 14 казачьих войск, и в каждом из них эти обычаи могут несколько различаться.