Добрый день, Ксения!
Безусловно, вы можете молиться за вашего отца дома в любом случае. В ситуации, когда нет информации, крещен ли человек и нет возможности это узнать, нужно надеяться на лучшее и усиленно молиться за человека. Если же окажется, что он был не крещен, то вашей вины в этом не будет, потому что с вашей стороны никакого обмана не было. Однако, пожалуйста, помните, что во время Литургии или заупокойного богослужения молитва совершается только о членах Церкви. Поэтому, вам необходимо постараться собрать больше информации, чтобы с максимальной достоверностью определить был ли он крещен.