Здравствуйте, Юлия!
Да, Вы поступили правильно, изменив имя при крещении, потому что в святцах Русской Православной Церкви нет святого с именем «Руслан», а по-традиции имя в крещении дается в честь кого-то из святых. И нет ничего плохого в том, что крестный и крестник — тезки. В церковной жизни Ваш сын должен участвовать с тем именем, которое ему дали в Крещении. То есть молиться за него нужно как за Алексия, причащаться (а когда подрастет, то и исповедоваться, и венчаться) он будет с именем Алексий.
