Дорогой Вадим,
Точно не знаю, но предположу, что первый кондак и первый икос Акафиста – самые значимые, они определяют и задают весь последующий тон и настрой всего текста, поэтому к ним возвращаются еще раз в самом конце. Кроме того, это указание может быть связано с богослужебным употреблением Акафиста Пресвятой Богородице на утрени в 5-ю субботу Великого поста (так наз. Субботу Акафиста; в современной практике богослужение совершается в пятницу вечером). Акафист для чтения на этой службе поделен на 4 части, каждая из которой начинается и заканчивается первым кондаком или «проимием» («шапочкой») «Взбранной Воеводе победительная». Поскольку это первый в истории составленный Акафист, то по его образцу были написаны и последующие Акафисты – Иисусу Сладчайшему и многим святым или иконам Божией Матери. Подробнее можете прочесть об истории развития акафистного жанра здесь: